测序结果中GC分离是什么？造成GC分离的原因有那些

答案:2 悬赏:0 手机版

解决时间 2021-01-28 23:09

提问者网友：轻浮
2021-01-28 08:07

最佳答案

五星知识达人网友：由着我着迷
2021-01-28 08:18

GC分离指G与C的含量不匹配。GC，或者AT是配对碱基，由于测序是paired reading，理论上来说配对碱基的量在总测序结果中应该是匹配的。
这个问题其实是属于bioinfo的范畴。为了更好地回答，我专门咨询了我同事，解答如下--
1.从实验操作上来讲，Illumina平台使用PhiX spikes作为control。如果实验员把control量加多了或者加少了，都会直接导致上机测序时错误率增加。
2.Illumina测序原理中，旧一代机器为不同碱基分配了不同的波段。C碱基对应是红色荧光，波长最长。而G对应的波长段，相对来说最容易被camera识别。

全部回答

1楼网友：鸽屿
2021-01-28 09:21

这个不是困难而是说产出要扣，gc含量高的序列一般都是gc富集的序列，基本都是gc多个重复，而测序的时候如果上样量不降低的话容易出现区分不清的情况。其实降低上样量（你可以理解为测序一个line上的flow cell别上满）

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