系统发育树图怎么分析

系统发育树图怎么分析

问题一：如何构建系统发育树 构建系统发育树需要注意的几个问题 1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时，它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似，但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故，序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子；再就是非特异性序列相似。 3 系统发育树法：物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的，也就是说，没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。 5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。 6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。 7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而，有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一，如果用不同方法构建树能得到同样的结果，这可以很好的证明该树是可信的；第二，数据可以被重新取样，来检测他们统计上的重要性。 分子进化研究的基本方法对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性，而遗传性关系含有祖先的信息，因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。文献中，更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称. 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。用于构建系统进化树的数据有二种类型：一种是特征数据(characterdata)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得，但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统进化树的构建质量依赖于距离估算的准确性。问题二：系统发育树的详细描述 进化树由结点（node）和进化分支（branch）组成，每一结点表示一个分类学单元（属、种群、个体等），进化分支定义了分类单元（祖先与后代）之间的关系，一个分支只能连接两个相邻的结点。进化树分支的图像称为进化的拓扑结构，其中分支长度表示该分枝进化过程中变化的程度，标有分枝长度的进化分支叫标度枝（scaled branch）。校正后的标度树（scaled tree）常常用年代表示，这样的树通常根据某一或部分基因的理论分析而得出。进化分支可以没有分支长度的标注（unscaled），没有被标注的分支其长度不表示变化的程度，虽然分支的有些地方用数点进行了注释。进化树可以是有根的(rooted)，也可以是无根的（unrooted），分为“有根树”和“无根树”两类。在有根树中，有一个叫根（root）的特殊结点，用来表示共同的祖先，由该点通过唯一途径可产生其他结点；有根树是具有方向的树，包含唯一的节点，没有确认共同祖先或进化途径。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为“外群”（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以致不能和树中的种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。问题三：怎样看一个系统发育树可不可用？怎样分析一个系统发育树好不好？ 5分系统学分类描述了不同生物之间的相关关系，通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。这一过程并不能够直接看到，人们只能通过相关线索了解历史上曾经发生了什么，而科学家就是用这些线索建立各种假说、模型，甚至是生命发生的历史。在系统学分类的研究中，最常用的可视化表示进化关系的方法就是绘制系统发育进化树（Phylogenetic trees），用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系。通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树（molecular phylogenetic tree）。
注意这个上面的说明，系统发育树是用来简明地表示生物的进化历程和亲缘关系抚，当然可以用于种间分析问题四：怎么在word里面做这种系统发育树图啊？急~~ 抚慰着石头一样的沉默，无言坚心，不以物喜，不以己悲，常怀我对着心，自言自语。有些不可思议，无论你。各人有自己的无奈，只是这三言两语，是哈哈霍。当那些花盯拼了全力总有一些相遇，是久别重逢问题五：如何发展一个系统发育树 首先要用你的序列blast，比较一下同源性，看看哪些同源性较高，下载同源性高的序列可以用软件自动生成，系统进化树问题六：如何进行基因序列分析和构建系统发育树 佳学基因最清楚了问题七：如何用最大简约法构建系统发育树 最大简约法（Maximum parsimony）是一种常使用于系统发生学分析的方法，根据离散型性状包括形态学性状和分子序列（DNA，蛋白质等）的变异程度，构建生物的系统发育树，并分析生物物种之间的演化关系。很高兴为您解答，不理解请追问，满意请点右上角选为满意答案，谢谢！问题八：系统发育树构成的完整流程是什么啊？需要一个生成过程的详细介绍~ 首先你需要大量样本的特定DNA序列（常用的有COI、16S、18S、28S等）样本并测序，得到测序结果以后，人工（这一步比较随意）去掉，测序结果两段的信号比较弱的，差别过大不可信的和高度重复的序列，然后将这些序列保存为mts、mag、mas或是fas格式（这一步测序公司往往会替你做好），然后利用一些常用的测序软件，比较推荐的有MEGA5、paup和Treeview等，都是傻瓜操作，英语够好的话基本上不需要教，英语不够好的话到网上随便看个教程也会了，然后就礌找台号电脑等他慢慢生成了。

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