如何找到与lncrna相互作用的mir

如何找到与lncrna相互作用的mir

如何找与转录因子可能存在相互作用的lncrna
研究人类miRNA转录因子及靶基因之间的相关关系。方法利用生物信息学方法预测miR-NA的上游转录因子和下游靶基因,并对预测结果做基因本体分析,得到参与各生物学过程及分子功能的比例,用统计学软件PASW做相关性分析。结果人类382个miRNA参与应激、代谢、发育等10个生物学过程和行使转录调控、翻译调控、催化活性等12个分子功能,miRNA上游转录因子之间、下游靶基因之间以及上下游之间存在着广泛的正负相关关系。结论基因在参与生物学过程及行使分子功能的过程中,通过miRNA实现协同作用或隔离效应。

这个问得太宽泛了，回答压力大啊。首先要看是根据研究对象分类，还是关注的层面分类- 根据研究对象可以大致分为动植物，人类健康和微生物1. 动植物方向近年热点包括基因组辅助分子育种，和杂合物种(如水产、林木等)基因组图谱绘制。当然群体进化一直是生物学永恒的问题，热度从未衰减。2. 人类健康方面主要是各类疾病的研究，首先，基因组学是定位单基因病(孟德尔遗传病)致病位点的利器;其次，基因组学被广泛应用于筛选复杂疾病(如2型糖尿病、免疫类疾病等)的致病基因;最后，癌症一直被认为是基因病，癌症基因组学也在近年成为一个独立的方向，快速发展。3. 微生物这块关注点包括环境微生物，能源微生物和致病微生物等。基因组图谱绘制、宏基因组，以及和其他方向(如合成生物学)的结合交叉等也都是近年热点。- 按照关注层面分类可分为dna层面，表观修饰层面和rna层面1. dna层面逐步开始由单碱基的改变(snp或point mutation)逐步过渡到结构变异等序列级别的差异。变异检测的灵敏度和准确度在近年都有很大的提升。2. 表观修饰层面对于dna甲基化和组蛋白修饰的关注也是一直未减退，越来越多的甲基化图谱被绘制，用于观测细胞发育、癌症发展等;chip-chip和chip-seq也用来检测了大量的组蛋白和dna的互作情况。3. rna层面除了基因表达、可变剪切和microrna之外，长非编码rna(lncrna)成为近年的热点。表达和调控一直以来被认为更适合解释我们观察到的表型差异。不断发展的测序技术和越来越多的尖端成果(如单细胞测序)正在推动着基因组学的发展。

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