php执行shell命令权限问题

已经忙活了一天了，始终没能解决这个问题，特来求助！！！
系统情况：Fedora16, php5.3.8, Apache 2.2.21
目的：希望通过php调用shell命令，然后把执行后的结果在localhost的web界面上显示出来。
问题：http error log日志总是提示Permission denied

几点说明：
(1) php程序本身没有问题，在shell中执行php test.php可以正确显示出结果，但是构建到web页面上调用该php脚本时，无法正确执行，怀疑是权限问题。
(2) 已经尝试修改/etc/httpd/conf/httpd.conf。将User和Group修改为系统用户，不是apache，但仍然无法正确执行php。
(3) 尝试使用super工具，但依然是shell中可以正确执行php，但web页面无法正确执行，error_log提示Permission denied。

希望高手能给出建议啊！！！附上我的php代码。

php：

// echo "success\n";
$result = system('/bin/super repcr -s test.hash -n1 -g1 AACATTCTACTGC CATTTTGTTTCTCC 10-4000');
print_r($result);
echo "\n";
?>

这个是权限不足的问题
为apache添加一个用户 例如apache

visudo

buqingchu

换其他方式吧，php是www用户去访问的，可以执行shell的话，不安全

你这个问题，也是我一直想知道的

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