扩增曲线异常,请问原因(附图)(扩增曲线,融解
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解决时间 2021-02-26 10:11
- 提问者网友:疯子也有疯子的情调
- 2021-02-25 16:06
扩增曲线异常,请问原因(附图)(扩增曲线,融解
最佳答案
- 五星知识达人网友:青灯有味
- 2021-02-25 16:30
具体要看你做什么实验,模板和扩增的基因实怎样的。
1、扩增曲线:一般来说如果你做双ΔCT法那么你的扩增曲线必须是S型,有明显的四个时期,且复孔的CT值尽量一致,相差不要超过0.5个CT值(上限是1个CT值);同一个基因在不同浓度的相同模板下扩增,其相差的CT值为相差浓度倍数的2次开方。比如同一种CDNA5倍浓度稀释,那么同一种基因扩增的前提下,5倍浓度模板的CT值会比1倍浓度模板的CT值提前2.3个循环左右,以此类推,当然这是理论值;另外阴性对照不能有扩增(40个循环以后出CT值属正常现象,也可算作没有扩增)。
2、溶解曲线:溶解曲线是判断扩增产物是否单一的曲线,顾名思义,其跟模板(或其浓度)没有关系,扩增什么基因就应该有其相对应的溶解曲线,类似于电泳。那么你扩增几种基因就应该有几种对应的峰(一般SYBR法的目的基因在80~90℃之间),我说的是一般情况,这个跟扩增片段长短有关系。出现其他峰就该考虑是否为引物二聚体(一般为60~75℃之间)视引物长度而定,而基因组DNA污染的峰会在90℃以后。出现引物二聚体可能是引物设计、引物加量等原因(也有可能是从加完反应液到上机开始PCR这之间的时间过长)所致;基因组DNA那么考虑设计跨内含子引物或者实验之前做gDNA的消除工作。而阴性对照有目的峰那可能就是模板污染,注意实验操作等避免模板污染。
纯手打,支持下。
1、扩增曲线:一般来说如果你做双ΔCT法那么你的扩增曲线必须是S型,有明显的四个时期,且复孔的CT值尽量一致,相差不要超过0.5个CT值(上限是1个CT值);同一个基因在不同浓度的相同模板下扩增,其相差的CT值为相差浓度倍数的2次开方。比如同一种CDNA5倍浓度稀释,那么同一种基因扩增的前提下,5倍浓度模板的CT值会比1倍浓度模板的CT值提前2.3个循环左右,以此类推,当然这是理论值;另外阴性对照不能有扩增(40个循环以后出CT值属正常现象,也可算作没有扩增)。
2、溶解曲线:溶解曲线是判断扩增产物是否单一的曲线,顾名思义,其跟模板(或其浓度)没有关系,扩增什么基因就应该有其相对应的溶解曲线,类似于电泳。那么你扩增几种基因就应该有几种对应的峰(一般SYBR法的目的基因在80~90℃之间),我说的是一般情况,这个跟扩增片段长短有关系。出现其他峰就该考虑是否为引物二聚体(一般为60~75℃之间)视引物长度而定,而基因组DNA污染的峰会在90℃以后。出现引物二聚体可能是引物设计、引物加量等原因(也有可能是从加完反应液到上机开始PCR这之间的时间过长)所致;基因组DNA那么考虑设计跨内含子引物或者实验之前做gDNA的消除工作。而阴性对照有目的峰那可能就是模板污染,注意实验操作等避免模板污染。
纯手打,支持下。
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- 1楼网友:慢性怪人
- 2021-02-25 17:33
融解曲线是荧光定量pcr仪出现后为了考察染料法结果的特异性产生的。大家使用荧光定量pcr的目的(也是荧光定量pcr的宣称优点)有快速、准确及无污染,其中快速的前提之一是不用跑电泳就可以通过扩增曲线考察初始拷贝数的量;准确是因为电泳是终产物,而通过扩增曲线我们知道,扩增最后达到平台期,这时不能真实反映未知样品的初始浓度,通过实验证明,扩增曲线的指数扩增期可以进行定量(ct值);无污染是电泳需要开盖操作,而荧光定量pcr通过扩增曲线就不需要跑电泳就可以定量了。融解曲线是由于染料法的特异性差,所以通过融解曲线考察扩增产物是否是目标产物,与电泳的其中的一个目的相同,但融解曲线毕竟是数学推导,并且结果中包含了仪器的误差(荧光信号中有系统误差),不如电泳能反映更多的实际的信息。所以实验时,如果采用染料法,融解曲线较好的话,如果实验条件不允许,可以不做电泳了,但如果融解曲线出现问题,借助电泳分析是一个很好的手段(有时扩增曲线显示没有扩增,但有电泳结果,可能的原因是设置问题或者染料、探针本省或者量的问题),个人认为比融解曲线更可靠。如果发文章,有融解曲线并且有电泳图,就比较完美了。
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