mate reads 和paired-end reads 有什么区别

mate reads 和paired-end reads 有什么区别

PE reads 就是 paired-end reads.
reads（读长）是高通量测序中一个反应获得的测序序列.
在测序过程中,一条DNA分子的两端都可以测序.先测其中的一端,获得一个reads,然后再转到另一端测序,获得另外一个reads.得到的这两个reads就是PE reads.
PE reads 的获得有助于后期序列组装.

从sra文件中分离出从对短序paired-end reads 很多时候从ncbi的sra文档中分离paired-end sequencing数据。但是当我们使用sra toolkit的fastq-dump工具时，往往只能得到一个文件，而不是两个文件。如何才能将这个文件分离成两个或者更多的文件呢？答案是不一定。首先我们可以试试使用fastq-dump的–split-3参数。对于–split-3参数，是这样介绍的： legacy 3-file splitting for mate-pairs: first biological reads satisfying dumping conditions are placed in files *_1.fastq and *_2.fastq if only one biological read is present it is placed in *.fastq. biological reads and above are ignored 也就是说如果sra文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略。如果原文件中有两个文件，那么它就会把成对的文件按*_1.fastq, *_2.fastq这样分开。如果还有出现了第三个文件，就意味着这个文件本身是未成配对的部分。可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下，所以有一部分数据被删除了。

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