pymol能不能在pdb图像中加入金属离子

答案:3 悬赏:60 手机版

解决时间 2021-02-26 23:30

提问者网友：末路
2021-02-26 01:31

最佳答案

五星知识达人网友：山君与见山
2021-02-26 02:15

需要准备的工作：找到合适的目标蛋白：具有两个不同的构像结构的蛋白，序列最好相同 Google下载morph_dist.inp这个文件下载安装Yale University提供的Crystallography&NMR System这个软件[2]，建议在linux系统里安装下载安装pymol软件[3] Window movie maker 或者其他任何可以利用图片生成动画的软件具体操作：用pymol将两个蛋白align在一起保存（右边控制栏Aalignto molecule--），align之后保存文件（save molecule as）将morph_dist.inp这个文件保存到与两个蛋白pdb文件相同的路径下，用文本编辑器打开，将其中的initial pdb和final pdb改成自己的两个pdb文件名。即分别为初始状态和最终状态。例如，自己保存的两个蛋白为A.pdb和B.pdb，则改成： initial="A.pdb"; final="B.pdb"; 3. 在安装有CNS软件的linux机器上打开terminal，进入到文件保存的路径（cd 命令进入路径），输入cns，回车 4. 输入 @morph_dist.inp 命令，软件就会自己开始计算中间态pdb了，默认生成的是20个pdb。名字为frame*.pdb 5. 运行结束后输入以下几行命令： mv frame0.pdb frame00.pdb mv frame1.pdb frame01.pdb mv frame2.pdb frame02.pdb mv frame3.pdb frame03.pdb mv fra...

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1楼网友：轻熟杀无赦
2021-02-26 04:27

把autodock对接后的结果保存出来，用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了。用PYMOL可以做的。将autodock的小分子导出PDB格式，大分子部分也导出PDB格式。在maestro中有merge这一项，整合成一个完成的complex形式。在PYMOL中与晶体复合物align，可以得到叠合模式图。

2楼网友：轻雾山林
2021-02-26 03:07

你好！把autodock对接后的结果保存出来，用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了。用PYMOL可以做的。将autodock的小分子导出PDB格式，大分子部分也导出PDB格式。在maestro中有merge这一项，整合成一个完成的complex形式。在PYMOL中与晶体复合物align，可以得到叠合模式图。仅代表个人观点，不喜勿喷，谢谢。

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