我公司增值税税负率在1%-2%之间，本月根据已经开具的增值税销项发票和已经收到的增值税进项发票计算后

可能出现两种情况，一种是税负率在0.6%左右，一种是税负率在2.04%左右，问一下，我应该根据哪种方法算出的进项税额去认证发票。会比较合适？让公司和税务局对比较满意？

以税负率为0.6%比较合适，因为我们是站在公司的立场上，是为公司服务的，所以应该尽可能多的把资金留到公司里面运作；而税务局方面你只要按照税法规定与要求纳税就可以了。
税负率为0.6%本月交的税金也少一些，从资金流动方面来说对公司有利，因为公司可以多余的资产用到别的方面，一方面可以为公司创造新的收益，另一方面可以增加公司的流动资金，使现金流量表更好看。
希望可以帮到你，选下最佳。

增值税进项税发票是购货取得的，销货方开的。销货方必须是一般纳税人才可以开具。

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