如何使用seqbuilder画质粒图

如何使用seqbuilder画质粒图

这里对多重序列比对格式（Multiple sequence alignment – MSA）进行总结。
　　在做系统演化分析、序列功能分析、基因预测等，都需要涉及到多重序列比对。
　　特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时，会遇到各种的格式，而这些格式是如何产生的，有什么区别，格式之间如何转换，从哪里可以下载到相关的格式序列，不同的格式又有什么特殊的用途等，本篇文章将就这些问题进行总结与讨论。
　　因为涉及内容较多，不足之处，欢迎大家补充或者批判。
　　生物信息学的基础是基于这样的一个假设：序列相似，结构相似，功能相似。
　　所以相似的一组序列，就可能同属于一个基因家族，而这样的一组序列相似的部分，就可能使其功能之所在，称其为结构域。
　　这是对于基因家族分类的一种方式，将结构与功能进行联系，从而实现从结构预测功能（序列称为一级结构）。
　　进行多重比对、多重序列的编辑、多重序列注释、存储与展示、系统演化分析等，不同的软件、不同的系统，除了要兼容现有的格式，还会根据自身的需要，都定义新的格式。
　　所以这些本身可以进行部分的格式转换，同时许多脚本模块比如bioperl等也提供了一些格式之间转换的脚本。
　　这些格式同发布其软件平台有着密切的联系，随着软件的流行而流行。

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