分子对接求助

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解决时间 2021-12-23 00:39

提问者网友：辞取
2021-12-22 11:04

分子对接求助

最佳答案

五星知识达人网友：几近狂妄
2021-12-22 12:25

一般而言是看前者的，因为前者是总能量，后者是相互作用能，如果还想再做的精细一点的话可以对打分程序本身做一个评级，就是以天然底物为reference，根据对接后配体RMSD值来评价打分函数

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1楼网友：过活
2021-12-22 12:33

qinqin837(站内联系ta)哦，那最终还是属于骨架叠合嘛。请问，场叠合又是怎么回事？snoopyzhao(站内联系ta)我个人理解是，在分子对接过程中，小分子有一个构象，把这个构象提取出来。一系列的分子对接后，由于与受体的相互作用问题，都会有一个特征的构象。然后在 sybyl 中直接对这些分子进行下一步分析，而不须要进行骨架或场的叠合。因为在分子对接过程中，可以认为那是基于与受体作用的叠合。qinqin837(站内联系ta)(⊙o⊙)哦谢谢！:)ky96998(站内联系ta)对接每个分子后选择每个分子的最优构象，每个分子的构象都选择好了之后最后全部读入sybyl中你就会发现这些分子的公共骨架基本上都重叠在一起。不赞成一楼的对接之后还要基于公共骨架的叠合。

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