反转录时候Oligo dT和Random有什么区别

做反转录的时候引物选择Oligo dT和Random有什么区别？

使用oligo dT引物扩增的产物, 可以保证扩增产物包括mRNA的3'末端(减少rRNA的干扰), 但是oligo dT primer扩增有一个问题, 就是扩增片段的长度和扩增产物所包含的信息量的问题, 之所以有长度这个问题,一方面和lz所提到的RNA完整性有关,但最重要的限制在于逆转录酶的延伸能力. 用oligo dT primer扩增可能出现扩增出来的片段长度短, 虽然都有mRNA的3'端, 但是序列信息多位于3'-UTR附近, 若扩增序列太短,则有用信息很少, 不利于序列的识别和分析.
使用random primer, 也有片段长度的限制, 但是由于它的逆转录并不一定在mRNA的末端起始, 而是在随机位置起始,所以它的扩增片段带有更多CDS的信息.但是如果是用总RNA逆转录的话,有可能会受到rRNA的干扰.
至于Gsp,只是在扩增已知gene/gene family以及部分原理的RACE中使用.
如果接下来你的PCR产物是外显子，就用oligo dT;
如果是内含子或者包括部分内含子，就用random；

1 随机6具体引物：当特定M RNA含有使反转录酶终止的序列而难合成全长时可采用随机6具体引物来拷贝M RNA。用此引物合成的C DNA96%源与R RNA
2 oligo dt ：是一种对M RNA 特异的方法，因决大多数真核生物M RNA都有 POLY A结构，故仅M RNA被转录。做RT一般都用他做引物，特异性较强。
3 特异性引物：用含目标RNA的互补序列寡核甘酸做引物，可导致更为特异的扩增长物。

oligo dt 是多聚t再加上一小段随机碱基（几个碱基）构成的引物，用于rt-pcr。随机引物则是碱基序列随机的一段引物。严格意义上来说oligo dt不能算是典型的随机引物。

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