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NCBI的COG数据库怎么用?据说有COGNITOR服务,但是网上给的FTP没有用,具体怎么用?

答案:2  悬赏:20  手机版
解决时间 2021-12-28 13:24
  • 提问者网友:沉默的哀伤
  • 2021-12-28 00:43
NCBI的COG数据库怎么用?据说有COGNITOR服务,但是网上给的FTP没有用,具体怎么用?我想将一段蛋白序列与NCBI中的COG数据库做个比对,以实现对蛋白的分类和功能预测,但是不知道具体步骤,我需要具体的1、2、3……步骤,网上能搜到的答案都是相互复制的,没有一点实用价值,回答的好的童鞋给高分~~~

注意,如果还是复制的以下废话答案的就不用来了哈,这个我试过完全没有用处,等于没说,废话:
蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白,根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序,可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对,并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询,基于Web的COGNITOR服务,系统进化模式的查询服务等。
COG库的网址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。
下载COG库和COGNITOR程序在:ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG

~~~谢谢!

晕,结果还是我自己问到的,给有相同问题的童鞋共勉:

提交需要在老页面
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html

数据库的文件在
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/
下载其中的PA文件,用blast做比对即可
最佳答案
  • 五星知识达人网友:玩家
  • 2021-12-28 01:06
如果是DNA序列比对应该下载哪个格式的文件呀,急,谢谢!
全部回答
  • 1楼网友:躲不过心动
  • 2021-12-28 01:54
虽然我很聪明,但这么说真的难到我了
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