如何使用geo数据库分析基因表达与预后的关系

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解决时间 2021-02-04 08:30

提问者网友：心如荒岛囚我终老
2021-02-03 11:41

最佳答案

五星知识达人网友：神的生死簿
2021-02-03 12:52

如下：
probeset_id GSM174883.CEL GSM174884.CEL GSM174885.CEL GSM174886.CEL
AFFX-BioB-5_at 8.22 7.79 7.14 7.26
AFFX-BioB-M_at 7.53 7 6.36 6.63
AFFX-BioB-3_at 7.96 7.73 6.92 7
AFFX-BioC-5_at 8.94 8.79 8.04 8.18
AFFX-BioC-3_at 9.01 8.79 7.99 8.17

全部回答

1楼网友：鱼芗
2021-02-03 14:01

在NCBI的GEO数据库中，系列（series）中matrix目录下的GSExxx_series_matrix.txt.gz文件，其中的数据是什么含义。是不是别人已经标准化好的数据（而且是log2处理过的），我可以用来直接求倍数然后看表达差异?
GSExxx_series_matrix.txt.gz数据格式和楼主的数据截图类似，差别在于列标题，楼主的列标题是GSMxxxxxx.CEL,而从GEO下载的GSExxx_series_matrix.txt.gz的数据，列标题是GSMxxxxxx，无“.CEL”。
ID_REF GSM413894 GSM413895 GSM413896 GSM413897 GSM413898 GSM413899 GSM413900 GSM413901
AFFX-BioB-3_at 8.472861 7.58379 7.726437 7.808923 8.604332 8.60782 8.343771 8.628157
AFFX-BioB-5_at 8.65537 7.696443 7.996466 7.719412 8.770542 8.652599 8.404749 8.911979
AFFX-BioB-M_at 8.813823 7.890245 8.127718 8.306655 9.0

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