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如何用openmpi做多节点并行计算

答案:1  悬赏:50  手机版
解决时间 2021-03-30 04:04
  • 提问者网友:末路
  • 2021-03-29 04:34
如何用openmpi做多节点并行计算
最佳答案
  • 五星知识达人网友:纵马山川剑自提
  • 2021-03-29 05:39
集群上使用的是openmpi,PBS有点问题,所以我一直用命令“mpirun -np 8 vasp”提交任务。不知道如何使用命令进行多节点的并行计算(把一个任务分配到多个节点上)。
  在《并行计算导论》上查到关于mpich的使用:
   运行MPICH程序
  多机环境中运行MPICH程序与单机环境类似,可以用mpirun来进行。运行程序前先创建一个machinefile文件,其中列出要使用的结点机名,然后用命令“mpirun -machinefile 文件名 ...”来在指定的结点上运行程序。例如,假设用户登录在结点node2上,文件mfile中包含下述内容:
  node3
  node4
  则命令:
  mpirun -machinefile mfile -np 3 cpi
  将用node2,node3 和node4来运行程序cpi,每个结点一个进程,这是因为默认情况下mpirun总是将当前结点添加到程序的结点机列表中。如果不希望使用当前结点(node2),可以加上-nolocal选项:
  mpirun -nolocal -machinefile mfile -np 3 cpi
  选项-np给出的进程数与-machinefile给出的文件中的结点机数不一定要相等。如果进程数少于结点机数,则程序只使用其中的一部分结点。如果进程数多于结点机数,则一些结点上会运行多于一个进程。
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