查转录因子的motif可以用什么database?我想知道CTCF的motif是什么。

答案:1 悬赏:10 手机版

解决时间 2021-04-15 04:06

提问者网友：我一贱你就笑
2021-04-14 13:11

最佳答案

五星知识达人网友：拜訪者
2021-04-14 14:07

CTCF是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子.利用细胞瞬时表达实验在HeLa细胞系中研究CTCF各结构域的转录活性.方法:借用CheckMate哺乳动物双杂交系统的2个质粒pBIND和pG5LUC,将CTCF的N、M、C段及全长编码序列克隆至pBIND质粒的GALA DNA结合结构域编码序列后的多克隆位点,将表达GALA DNA结合结构域-CTCF融合蛋白的pBIND重组质粒与由腺病毒晚期主要启动子控制的报告基因质粒pG5LUC共转染HeLa细胞系,
检测CTCF各结构域对报告基因表达水平的影响.结果:转染含CTCF N段的质粒可使报告基因的表达量增长至3.5倍以上;转染含CTCF其他片段的质粒对报告基因的表达没有明显的影响.结论:在HeLa细胞中,对启动子具有转录激活活性的主要是CTCF的N段,而M段和C段几乎没有转录激活活性.

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