求助R中基因芯片注释
答案:1 悬赏:0 手机版
解决时间 2021-02-03 15:51
- 提问者网友：雾里闻花香
- 2021-02-03 13:04
求助R中基因芯片注释
最佳答案
- 五星知识达人网友：青灯有味
- 2021-02-03 13:24
1、把EST用BLAT比对到基因组序列上，挑最好的match。
2、下载同版本的基因组注释文件。
3、 比较1和2中的基因组位置关系，并找出来未被基因组注释的EST。
这时候应该还剩下上千条，其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA，当然一小部分是基因间区的非编码RNA。
4.、将affimetrix的probe sequence用blast比对到这些非编码RNA中。建议先找找关心的事情是否有tiling-array data。
另外要注意非编码RNA和它可能有关的基因一起分析，比如附近基因，或者互补的基因。
做芯片一般不去找表达或非表达，而往往是在找差异表达。
比如某非编码RNA和它附近的基因共同在肿瘤细胞中特异表达。
2、下载同版本的基因组注释文件。
3、 比较1和2中的基因组位置关系，并找出来未被基因组注释的EST。
这时候应该还剩下上千条，其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA，当然一小部分是基因间区的非编码RNA。
4.、将affimetrix的probe sequence用blast比对到这些非编码RNA中。建议先找找关心的事情是否有tiling-array data。
另外要注意非编码RNA和它可能有关的基因一起分析，比如附近基因，或者互补的基因。
做芯片一般不去找表达或非表达，而往往是在找差异表达。
比如某非编码RNA和它附近的基因共同在肿瘤细胞中特异表达。
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