请问，单个的原子是什么形状，什么颜色？

对于宏观的颜色，是原子内部电子跃迁所发出光的频率，每种原子都有其电子个数，电子按层次分布，每种层次代表一种能量级，当外界光照射时，电子会发生跃迁现象，产生固有频率的光子。即光使电子从低能级到高能级，电子再回到低能级时产生光。单种原子每个能级能量固定，所以能量差固定，即光的频率固定（光的能量俺频率计算）。

形状和颜色是宏观层面上的物理性质

微观层面上没法讨论这个问题。