知道基因及rs号，要做PCR酶切，如何设计引物？

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解决时间 2021-03-23 16:12

提问者网友：無理詩人
2021-03-22 22:13

最佳答案

五星知识达人网友：像个废品
2021-03-22 23:16

文献的引物你可以再摸一下PCR的条件，如果还不行的话就自己设计：通过ncbi获得基因序列及SNP的侧翼序列，可以相对扩展的长一些，然后用primer5设计，送公司合成就行了

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1楼网友：风格不统一
2021-03-23 00:51

rs号？就是指的序列吧
你用Oligo7试过吗文献给的引物极大可能是没错的是不是你模板不纯或者PCR体系问题
设计引物很简单的特别是实际操作中（考试题目里面倒是麻烦许多）
不要想太多就把重叠的部分搞好就对了重叠大约19-22bp 模板是质粒最好追问额。。。不会用。。。因为是做基因多态性的，现在知道突变的位点及rs号，我blast过引物确实没问题，可是一直都P不出条带，很无语，已经调过体系以及条件了，而且用其他基因的引物是可以P出很好的条带的，条件都一样，所以我觉得是引物的问题，现在想重新设计引物，但是不知道要怎么做。。。。求大神相助。。。追答已经调过体系以及条件了，而且用其他基因的引物是可以P出很好的条带的，条件都一样
不同引物有不同的条件退火温度要看GC含量的一般GC高就58度
引物出问题的可能很小而且引物想改也改不了因为要与模板结合改动的地方十分有限
试试删去一些无意义碱基吧比如酶切位点的保护碱基没用的linker什么的
blast也可以没必要非得某个软件既然blast说可以那就是说明没有其他的非特异性结合位置了也许你重叠的区域比较短吧
还有你的基因组模板验证过了吗

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