蛋白小分子md，质子化状态怎么确定
答案:2 悬赏:60 手机版
解决时间 2021-03-22 20:58
- 提问者网友：孤凫
- 2021-03-22 09:45
蛋白小分子md，质子化状态怎么确定
最佳答案
- 五星知识达人网友：第四晚心情
- 2021-03-22 09:57
1.计算pka，结果的可靠性要靠计算程序了。如果pka<7，说明是去质子化的，反之则是质子化的。不过这条对HIS不太管用，因为去质子化的HIS有HIE和HID
2.可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象，看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键，能形成氢键的，且H在HIS上更为合适的，就认定该N原子是质子化的。
据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。
2.可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象，看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键，能形成氢键的，且H在HIS上更为合适的，就认定该N原子是质子化的。
据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。
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- 1楼网友：胯下狙击手
- 2021-03-22 11:27
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