如何进行标签SNP的选择

如何进行标签SNP的选择

功能snp一般指对相应基因表达蛋白活性或表达量有明显影响,从而有明确功能影响的snp,比如cyp2c19的*2、*3多态性的snp可以降低相应酶活性造成慢代谢.由于基因组上snp数量巨大,在做基因扫描确定与疾病关系研究时成本巨大,但遗传时距离近的基因往往形成连锁,snp也成片的传递,既距离越近的snp一起传递给下一代的机率越高而形成连锁,一段片段内一个snp往往可以代表区域内所有snp的类型,那这个snp就称tag-snp,既标签snp,运用标签snp可大幅减少研究时所要检测的snp数量,降低研究成本.

希望对你有帮助

snp是分布在动物基因组中非常常见的一种分子标记。在人体中每1000bp就可能有一个snp。需找snp的目的是为了做连锁分析，在现在先进的技术里，还可以做全基因组关联分析（gwas）。 然后说说标签snp，这个涉及到单倍型的问题（对单倍型稍微讲解一下！三个snp假定是g、c突变，g、t突变和a、t突变，但不是说这些突变在单倍体染色体上里是随意组合的，而是趋向于一种组合方式，比如一条染色体是ggt,另一条是cca）。因为在基因组中，有些区域是较为紧密连锁在一起的，这个区域可大可小，组成一个单倍型框，在区域里也会存在多多少少的snp。人们没有必要把这些snp都找出来，因为它们往往就像是捆绑在一起的。于是从中选出一个代表性的snp，它可以反映这个区域的情况。然后就方便人们继续做关联分析！继人类基因组计划之后，还做了单倍型的图谱。这也是标签snp的应用。讲的够清楚吧，呵呵……希望理解，谢谢。

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