细菌进化树构建一般选择多少类似菌株比对合适
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解决时间 2021-01-29 01:21
- 提问者网友：萌卜娃娃
- 2021-01-28 09:10
细菌进化树构建一般选择多少类似菌株比对合适
最佳答案
- 五星知识达人网友：末日狂欢
- 2021-01-28 09:35
构建ML树可以使用PHYML，速度最快。
或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。
而PAML则并不适合构建进化树。
ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。
ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。
这里作者的工具是BioEdit。
BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。
Tree- puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。
PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不使用。
值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。
或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。
而PAML则并不适合构建进化树。
ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。
ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。
这里作者的工具是BioEdit。
BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。
Tree- puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。
PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不使用。
值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。
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